Michael Clayton is een "fixer", iemand die problemen oplost voor de belangrijke clienten van een prestigieus advocatenkantoor. De waarheid verdoezelen of verdraaien, getuigen een rad voor ogen draaien, niets is hem te veel om een zaak te winnen. Nadat topadvocaat Arthur Edens geestelijk in elkaar is gestort tijdens een belangrijke rechtszaak, wordt Clayton door zijn baas opgeroepen om de zaak weer op de rails te krijgen. Clayton's kantoor is ingehuurd om het chemisch concern U/ North, dat verdacht wordt van het gebruik van giftige bestrijdingsmiddelen, te helpen onder een miljardenclaim uit te komen.

Maar hoe meer hij over de affaire ontdekt, hoe meer hij ervan overtuigd raakt dat U/North een smerig geheim te verbergen heeft. Nu moet hij kiezen tussen zijn plicht en zijn geweten. Aan welke kant staat Michael Clayton?